Gli imperatori romani, che trascorrevano le vacanze sull'isola, sembra la utilizzassero come piscina privata: in particolare pare che l'imperatore Tiberio si fosse fatto costruire un passaggio tra la sua villa e la grotta. In ogni caso divenne conosciuta a partire dal 1826, quando fu visitata dall'artista polacco August Kopisch su indicazione di un pescatore del luogo. La caratteristica migliore della Grotta Azzurra è il particolare gioco di colori creato dalla luce esterna che penetra attraverso la sua parte sommersa, che può variare nelle diverse ore del giorno e col mutare delle condizioni atmosferiche. Dopo gli Scavi archeologici di Pompei e la Reggia di Caserta, con 247.166 visitatori questo famoso antro è il terzo sito della Campania per visitatori paganti.